João Jacinto de Magalhães nasceu em Aveiro em 1722 e muito jovem entrou no Colégio da Sapiência em Coimbra, que funcionava no Mosteiro de Santa Cruz, pertencente à Congregação dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho. Tornou-se monge e depois cónego, mas em 1754 pediu ao papa Bento XIV que o deixasse partir do mosteiro para uma viagem de descoberta filosófica pela Europa.

Estava ainda em Portugal quando se deu o Terremoto de 1755, mas no ano seguinte já se encontrava no estrangeiro, tendo vivido em França, onde passou a ser conhecido como Jean-Hyachinte de Magellan, com o amigo português Ribeiro Sanches, que vivia em Paris e o ajudou financeiramente, a apresentá-lo a outros grandes cientistas. Depois de um regresso breve a Portugal, Magalhães instala-se em 1764 na Inglaterra, onde o nome é adaptado para John-Hyacinth de Magellan, e ganha crescente fama como construtor de relógios e de instrumentos científicos como quadrantes de navegação, bússolas e barómetros.

Escreve livros, faz traduções, corresponde-se com cientistas como o francês Antoine Lavoisier e o italiano Allessandro Volta e torna-se membro das academias de ciência de diversos países, incluindo a Royal Society de Londres. Os instrumentos e máquinas que desenha são encomendados por vários países, incluindo Portugal, que está a par da sabedoria deste monge que se tornou físico. São uma fonte de riqueza.

Magalhães teria admiração pelos recém-nascidos Estados Unidos da América e graças às ligações com Benjamin Franklin, que conheceu em Londres, tornou-se membro da American Philosophical Society, sedeada em Filadélfia. Em 1785, envia a proposta para a criação de um prémio científico na área da navegação, astronomia e filosofia natural a partir de uma doação inicial de 200 guinéus, valor avultado para a época. A proposta foi bem acolhida em Filadélfia e um amigo viajou com o dinheiro. O Prémio Magalhães começou a ser atribuído em 1790 e continua até hoje. No seu site, a American Philosophical Society diz que o Magellanic Premium é o prémio científico americano mais antigo.

Magalhães morreu em Londres em 1790.