Filho de pai castelhano e mãe portuguesa, André de Gouveia nasceu em Beja em 1497, o mesmo ano em que Vasco da Gama partiu para a descoberta do caminho marítimo para a Índia. Cresceu durante o reinado de D. Manuel I, uma época em que a Europa tomou conhecimento do resto do mundo (e vice-versa), e isso, associado a um contexto familiar recheado de figuras intelectuais, levou-o a um trajeto de filósofo humanista e de pedagogo.

Em 1529, ingressou no Colégio de Santa Bárbara em Paris, dirigido pelo tio, Diogo de Gouveia. Doutorou-se em Teologia e, em 1533, foi nomeado reitor da Universidade de Paris, a célebre Sorbonne. Depois, dirigiu ainda o Colégio de la Guienne, em Bordéus, deixando forte impressão num aluno posteriormente célebre, o filósofo francês Michel de Montaigne.

Em 1547, André de Gouveia, figura intelectual de projeção europeia (tal como o irmão António de Gouveia, que morreria em Turim) regressou a Portugal, a convite de D. João III, para dirigir o Real Colégio de Humanidades, em Coimbra. Morreu um ano depois. Em Paris, na Cidade Universitária Internacional, existe hoje a Maison du Portugal – André de Gouveia, construída pela Fundação Calouste Gulbenkian.