Pedro Martins nasceu em Coimbra em 1541. Entrou para a Companhia de Jesus e doutorou-se em Teologia pela Universidade de Évora em 1573. Foi lá professor. O jovem rei D. Sebastião chamou-o depois para junto de si, para seu pregador, e foi nessa condição que acompanhou o monarca até Marrocos, para a desastrosa Batalha de Alcácer Quibir, em 1578. D. Sebastião morreu, assim como se perdeu boa parte das hostes portuguesas, e entre os sobreviventes muitos foram feitos prisioneiros. Pedro Martins esteve quase um ano cativo, até ser resgatado.

De volta ao reino, viu a coroa depois da morte do cardeal-rei D. Henrique passar para Filipe II de Espanha, Filipe I de Portugal. O resto da sua vida vai decorrer durante a União Ibérica, tendo partido para a Índia em 1585. Em Goa, tornou-se provincial dos jesuítas. Foi consagrado bispo e destinado ao Japão onde nunca tinha estado um prelado da Igreja Católica, tendo chegado a Nagasaqui em 1596, depois de algum tempo em Macau. Era uma época em que o cristianismo, trazido meio século antes por São Francisco Xavier, estava a ser alvo de perseguição.

1. Pedro Martins, já bispo, tentou travar a fúria das autoridades contra os cristãos, tanto os padres vindos da Europa como os milhares de fiéis japoneses, mas sem sucesso apesar de ter sido recebido pelo mais poderoso dos senhores da guerra. Durante a sua estada de meses no Japão, aconteceu a crucificação dos 26 mártires de Nagasáqui, um momento trágico da história do cristianismo no País do Sol Nascente.

Não sendo autorizado a residir no Japão, D. Pedro Martins, bispo de Funai, viajou de volta a Macau. Depois seguiu para Goa para dar a conhecer ao vice-rei da Índia, D. Francisco da Gama, as dificuldades dos cristãos em terras nipónicas, mas em 1598, durante a viagem, morreu de doença perto de Malaca, cidade hoje da Malásia, mas que na altura era dominada pelos portugueses. Este bispo também se destacou por criticar a escravatura de japoneses e coreanos então existente, ameaçando excomungar quem a praticasse.